我们知道微生物群落在我们身体的大部分功能中扮演着不可或缺的角色，所以菌群失调成为许多疾病背后的驱动因素也就不足为奇了。几乎每周都有新的证据表明肠道菌群失调与某种疾病有关。对于许多疾病，菌群失调可能并不是其唯一的发病原因，却往往发挥着核心作用，所以重建肠道菌群平衡通常能够显著改善症状。
对甜食的渴望
我们身体所携带的微生物数量远远超过我们自身细胞的数量。不仅我们自身的细胞需要获得营养，我们的微生物也一样。肠道细菌为了自己的生存，可能操纵我们的思想和行为，让我们摄入它们所需要的食物。
我们经常把对某种食物（比如甜食）的渴望归咎于缺乏意志力。但事实证明，我们体内的微生物可能与此有关。当嗜糖的细菌在我们的肠道中站稳脚跟时，我们就可能会发现自己渴望吃更多的糖。即我们对甜食的喜爱，实际上可能是某种特定的细菌群落引导我们以一种确保它们生存的方式行事，尽管这可能对我们的健康产生负面影响。肠道细菌能够通过释放影响我们大脑的相关物质来影响我们对食物的选择，比如5-羟色胺，能够影响我们的情绪，让我们在吃了某些食物后感觉更好，甚至可以改变味觉感受器的特性。
消化道内的空间竞争非常激烈，因此微生物承受着很大的压力，它们需要获得正确的食物来提高生存能力，或者抑制竞争对手的生存能力。从微生物的角度来看，我们吃什么关乎它们的生死。这就是为什么许多人觉得自己对某些食物无法抗拒，真正做决定的可能并不是我们自己，而是体内的微生物在帮我们做决定。
菌群失调的人往往会对糖有着强烈的渴望，减少糖的摄入也是重建菌群平衡首先需要改善的事情之一。
腹胀
导致腹胀的因素很多，但菌群失调绝对是首位的。微生物失衡会导致产生过多的氢气和甲烷气体，造成腹胀，伴随而来的是腹部不适、排便习惯改变、大便极臭等。所有这些症状，无论是持续存在还是间断存在，都是肠道菌群失调的信号。去除可能导致胀气的食物，让健康有益的微生物重新定植，将有助于改善腹胀。
肥胖
肥胖是多种因素综合作用的结果，比如不健康的饮食、久坐不动的生活方式、缺乏体育锻炼和遗传因素。越来越多的研究也表明，肠道菌群的组成和多样性在决定一个人的肥胖方面发挥着重要作用。对胖子和瘦子的肠道细菌进行比较发现，他们的肠道菌群组成明显不同。
一项特别有趣的研究证明了肠道菌群与肥胖的关系。研究人员将肥胖女性及其苗条的双胞胎姐妹的肠道微生物转移到无菌小鼠之中，虽然给小鼠喂食等量的同种类型的食物，但是拥有肥胖女性肠道细菌的小鼠体重增加得更多。因为小鼠有食粪的癖好，后续研究将两组小鼠饲养在同一个笼子里，由于瘦鼠食用了胖鼠的粪便，使得瘦鼠的肠道菌群变得类似于胖鼠，因此瘦鼠的体重也增加了。这是因为胖人的菌群可以从同样的食物中摄取更多的卡路里。人类身上也有同样的现象，我们吃同样的食物，有的人就长胖，而有的人就不会长胖，这就取决于我们的肠道菌群的差异。肠道菌群与体重增加的关系，也可以帮助我们解释为什么广泛使用抗生素可导致肥胖发生率的飙升。高脂高糖低纤维的饮食显然是肥胖的一个风险因素，但是食物本身可能不是导致肥胖的直接原因，而是其诱导了肠道微生物的变化，这种微生物的变化才是我们体重增加的原因。
肠易激综合征
肠易激综合征是一种常见的功能性肠病，以腹痛或腹部不适为主要症状，排便后可改善，常伴有排便习惯改变，但是缺乏可解释症状的形态学和生化学异常。肠易激综合征患者的结肠镜或内窥镜检查通常都正常，但就是感觉不舒服。
至少对于一部分肠易激综合征患者来说，致病原因可能是微观的，是我们肉眼看不到的。一些研究表明肠易激综合征患者粪便中的细菌组成发生了变化。腹泻型的肠易激综合征往往与双歧杆菌和乳酸菌低于正常水平有关，而便秘型肠易激综合征患者的韦荣球菌往往高于正常水平。
多达三分之一的肠易激综合征患者在急性感染事件后出现症状，比如食物中毒，所以我们有时也称之为感染后肠易激综合征。在感染弯曲杆菌、沙门氏菌和志贺氏菌等细菌后，这种情况尤其常见。随着病原体数量呈指数级增长，急性感染可能会将有益细菌“排挤”出去。肠道菌群的破坏还可能影响大脑对疼痛的感知，导致肠易激综合征典型的内脏感觉过敏症状。
传统的治疗方法只是使用药物来减轻症状，而不是挖掘和纠正根本病因。通过恢复肠道菌群平衡治疗肠易激综合征，为疾病治愈提供了新希望。
炎症性肠病
克罗恩病和溃疡性结肠炎是炎症性肠病的两种形式，儿童时期接触细菌不足，大量使用抗生素以及高脂高糖的西式饮食都是导致其发生的危险因素。炎症性肠病患者与健康人群的肠道菌群明显不同，不同类型的炎症性肠病与不同的肠道微生物变化有关。实践发现，健康饮食结合益生菌在缓解炎症性肠病以及减少或消除其对药物的需求方面非常成功。
食物过敏
人体免疫系统对进入机体的外源性物质会进行攻击。食物也算是一种外源性物质，但是机体能够耐受它们以吸收营养，这是因为免疫系统能够阻止它们对有益抗原产生反应。但是，如果这样的耐受机制出现问题，那就可能会发生食物过敏。
食物过敏的发病率极高，据估计，食物过敏在儿童中的发病率为4%~6%，其中许多是严重甚至危及生命的。虽然食物过敏有着遗传的原因，但是单凭遗传因素并不能解释食物过敏患病率迅速上升的情况；因此，环境因素也越来越受到重视。出生方式、是否母乳喂养、药物使用、居住环境、饮食结构、是否接触宠物等等都是影响食物过敏的风险因素。这些环境因素主要作用于调节肠道菌群结构和功能。越来越多的证据支持肠道菌群在食物过敏的发病机制和进程中可能发挥作用。肠道菌群的破坏会导致免疫系统功能的改变，进而可能影响食物过敏和食物过敏相关疾病的发生。清除小鼠的肠道细菌会导致小鼠对食物过敏，在人类中似乎也是如此。抗生素的广泛使用，特别是在儿童中，与食物过敏发生率的飙升有直接关系。给小鼠重新定植肠道细菌，尤其是梭菌属和拟杆菌属的细菌，似乎可以改善许多过敏症状。将健康人类婴儿的肠道菌群移植到无菌小鼠身上，能够防止小鼠摄入牛奶后产生过敏反应，而移植牛奶过敏婴儿的菌群则不能，表明肠道微生物在调节对食物的过敏反应中的关键作用。
食物过敏是免疫系统对于一些本身无害的食物成分的过度反应。对于许多人来说，他们免疫系统的过度反应是菌群失调导致的肠漏所引起的。当肠道黏膜受损时，原本会留在肠道内的大量未消化的食物颗粒会穿过肠壁进入血液，引发过敏。所以恢复肠道菌群和修复肠漏可能为治疗食物过敏提供一种可能，而不仅仅是从食物清单中去除那些导致过敏的食物。
小肠细菌过度生长
通常，小肠里的细菌要比结肠里少得多，结肠是细菌的主要生活区。小肠细菌过度生长是菌群失调的另一种形式，大量不友好的细菌在小肠内生长，会导致腹胀和腹部不适，有时还会导致腹泻或便秘。营养不足也可能是其临床表现，因为小肠内的细菌大量生长会消耗一部分营养物质，从而影响营养物质的吸收。抗生素的大量使用是导致小肠细菌过度生长的一个主要原因，肠道运动障碍、部分肠梗阻以及抑酸药物的使用，都是导致细菌过度生长的危险因素。
小肠细菌过度生长的症状表现为：腹痛、腹胀、便秘、腹泻、对甜食的渴望、抑郁、疲劳、头痛、皮疹等等。通常会用一种叫利福昔明的口服抗生素治疗小肠细菌过度生长，因为利福昔明对在小肠中过度生长的细菌具有广谱性，使用它来减少细菌数量可以改善症状。然而和所有抗生素一样，利福昔明也对肠道有益细菌有抑制作用，会减少肠道有益细菌的数量。所以结果通常只是暂时的改善，几个月后可能又会复发。
酵母菌过度生长
我们体内都有酵母菌，但在结肠中的含量较低，当酵母菌生长过快时，我们就可能出现健康问题。当肠道菌群遭到破坏时，肠道中就容易发生酵母过度生长。这在服用抗生素或食用高糖饮食后尤其常见，抗生素会导致肠道有益细菌的减少，使酵母的生长不受抑制，而糖是酵母生长所必需的。酵母菌过度生长的症状千差万别，从肠胃不适到疲劳甚至情绪障碍，如腹胀、便秘、腹泻、食物过敏、对甜食的渴望、血糖不稳定、抑郁、疲劳、头痛、注意力不集中、易怒、记忆力差、指甲感染、鹅口疮、皮肤问题（湿疹、痤疮、荨麻疹、皮癣、皮屑）、直肠瘙痒、阴道瘙痒等。
人们通常希望用抗真菌药物来治疗酵母菌过度生长的问题，然而通过补充有益微生物重新恢复健康的肠道菌群来抑制酵母菌生长可能更好。
肠漏
我们的消化道是一条从口腔到肛门的空心管道，我们所摄入的食物只有被肠壁吸收进入血液后才算是真正进入到我们体内。肠道内壁有一个选择性屏障，允许一些物质通过，同时阻止其他物质的进入。菌群失衡和潜在有害微生物的过度生长会破坏肠道屏障的完整性，让毒素和其他有害物质进入体内，这就是肠漏（Leaky Gut）。
酵母菌（比如念珠菌）过度生长和寄生虫感染都与肠漏的发生有关，富含精制糖和化学物质的加工食品也是造成肠漏的原因。放疗、化疗以及过量的酒精摄入会损害肠道内壁，长期的压力会削弱我们的免疫系统，
都影响我们抵御入侵病原体的能力，并恶化肠漏的症状。阿司匹林和非甾体类抗炎药等药物也会破坏肠道内壁，抗酸剂会改变肠道pH值，类固醇类药物会改变肠道环境，所有这些都与肠道通透性增加有关。
我们应该把肠漏更多地看作是一种机制而不是一种疾病，因为有许多迹象和症状与之相关。肠漏是自身免疫病发生的先决条件，正是因为肠道通透性的增加使得有害物质进入，才触发了免疫反应。肠漏还与食物过敏、胃肠不适以及头痛、脱发、疲劳、关节痛、皮疹、荨麻疹、脑雾、记忆力减退和对感染的易感性增加等有关。肠漏现在已经是一个非常普遍的问题，从根本上反映了菌群失调的高发生率，主流医学近些年开始对肠漏加以重视。
乳糜泻
乳糜泻是一种自身免疫病，由于食用麸质（一种在小麦、黑麦和大麦中发现的蛋白质）而损害小肠内壁。乳糜泻患者可能有各种各样的非特异性症状，也可能完全没有症状。麸质敏感，也被称为麸质不耐受，也会导致类似的症状，但是不被认为是一种自身免疫病，因为当我们对其进行活检时，发现小肠内壁并没有受到损害。麸质敏感可能是胃肠功能正常和乳糜泻之间的一个中间状态，对一些人来说，这可能是患上乳糜泻的先兆。
乳糜泻在欧美人群中较为常见，大约三分之一欧洲血统的人携带有乳糜泻易感基因，但实际上只有很少一部分人会发展成乳糜泻，这证明基因还不足以导致乳糜泻的发生。似乎有某种触发机制告诉我们的免疫系统该把麸质当作食物还是一种应该产生免疫反应的外来物质来对待。研究表明，肠道菌群的改变可能是罪魁祸首。
一般来说，母乳喂养可以预防自身免疫病的发生。现在的研究进一步表明，母乳喂养可以帮助预防乳糜泻的发生。母乳喂养的孩子比配方奶粉喂养的同龄人拥有更多的双歧杆菌，可以帮助抑制身体对炎症的反应。儿童乳糜泻患者的双歧杆菌低于正常水平，而大肠杆菌以及其他可能加重炎症和引起肠漏的有害细菌水平较高。肠漏可能是导致人们患上乳糜泻的核心原因，肠漏就如同一扇打开的大门，让麸质进入体内。
乳糜泻患者在坚持无麸质饮食数年后，仍然存在胃肠道症状，这是因为他们的肠道菌群异常没有改善。即使在小肠黏膜改变和血液恢复正常后，这些与微生物相关的症状可能仍然存在，所以光是无麸质饮食可能还不够，重建健康的肠道菌群可能也是控制症状的一个重要部分。
阴道病
菌群失衡不仅仅发生在肠道里，也可能发生在阴道内，导致细菌性阴道病。当正常的阴道菌群由于使用抗生素或阴道洗液而发生改变时，那些通常通过产酸来排斥其他细菌的乳酸菌可能会减少，导致其他各种各样的细菌在阴道中肆意生长。与细菌性阴道病有关的微生物包括加德纳菌属、普雷沃氏菌属、动弯杆菌属、拟杆菌属、消化性链球菌属和支原体属等。保护性的乳酸菌减少还会导致对尿道感染、性传播疾病（包括人类免疫缺陷病毒）、盆腔炎和流产的易感性增加。
如果被诊断出患有细菌性阴道病，不要轻易使用抗生素，虽然抗生素可以减少一些有害细菌的生长，但同时也会减少有益的阴道细菌，可能导致进入复发性阴道病的恶性循环，重建健康平衡的阴道菌群是关键。除了改变饮食习惯，还可以考虑补充大量的乳酸菌，并向阴道植入乳酸菌。
慢性疲劳综合征
慢性疲劳综合征是一种持续性和不明原因的疲劳状态，不能通过休息缓解，并且随着体力和脑力活动的增加而加剧。许多慢性疲劳综合征患者被检查出肠道菌群的问题。像EB病毒这样的病毒感染会破坏肠道内壁，造成肠漏，这可以部分解释一部分人的发病。同时慢性疲劳综合征患者的双歧杆菌水平较低，而一些好氧菌的比例较高，这表明菌群失调是导致一部分人发病的原因。恢复菌群平衡和修复肠漏对于改善慢性疲劳综合征具有良好的效果。
精神问题
由于肠道微生物有助于消化食物和吸收营养，那么身体其他部分能获得哪些营养物质就取决于我们的肠道中存在哪些细菌。肠道细菌决定了大脑制造神经递质所需的前体物质的可获得性，而且还与位于胃肠道的神经系统分支——肠道神经系统进行交流。
抑郁和焦虑是近年来发病率增长最快的精神疾病。感染肠道致病菌也会增加小鼠抑郁和焦虑样的行为，表明肠道菌群的改变与宿主的抑郁和焦虑行为相关。
确实，抑郁症患者与健康人群的肠道菌群存在明显的差异，将抑郁症患者的肠道细菌移植到无菌小鼠以后，小鼠会表现出抑郁症样的行为。在对自闭症、帕金森病和精神分裂症的研究中也发现了类似的现象，将这些患者的肠道细菌移植到无菌小鼠后也可以重复出类似的疾病行为表现。这表明了肠道菌群失调对抑郁症等神经精神疾病的影响。
肠道微生物可以与肠道免疫细胞相互作用，促进某些细胞因子的释放，进入血液最终影响我们的大脑；肠道微生物还可以与肠内分泌细胞相互作用，产生一些神经活性分子，通过与迷走神经相互作用，影响我们的大脑。另外，几乎所有参与控制和指挥大脑活动的神经递质在肠道中都能找到，包括我们熟知的5-羟色胺和多巴胺等与情绪相关的物质。5-羟色胺是一种能使我们感到心情愉快的物质，让大脑产生“满意感”“满足感”，多达95%的5-羟色胺都是在肠道内合成的，肠道微生物在其合成过程中发挥了重要作用。这在一定程度上解释了我们的心理健康是如何受到肠道微生物的影响的。出生时与母鼠分离的幼鼠表现出抑郁样的行为，而它们体内的乳酸菌和双歧杆菌含量低于预期。补充这些有益细菌可以增加它们5-羟色胺的产生并改善抑郁症状。目前治疗抑郁症的方法主要是通过补充调节5-羟色胺水平的药物，比如5-羟色胺再摄取抑制剂，但是这些药物具有严重的副作用，增加肠道有益细菌的数量似乎是一种更安全的方法。
皮肤问题
微生物在痤疮、酒糟鼻和湿疹等非传染性皮肤病中起着重要作用。生活在皮肤和头皮上的细菌、病毒、真菌等构成了具有不同功能的微生物群落。当我们去除了保护性细菌以及保护皮肤并滋养有益细菌的天然油脂和皮脂时，我们的皮肤就会出现菌群失调。这就使得病原菌过度生长，导致囊性痤疮、酒糟鼻、湿疹、皮肤干燥、过敏等问题，并增加皮肤感染的易感性。各种抗菌日化品的过度使用会破坏皮肤生态系统，导致皮肤菌群的失衡以及某些有害细菌的过度生长，比如头皮屑就是马拉色菌过度生长引起的皮肤问题。
● 痤疮
大多数皮肤科医生认为痤疮的罪魁祸首是痤疮丙酸杆菌，所以经常使用抗生素来治疗痤疮。然而真正的病因是，痤疮丙酸杆菌的过度生长会导致毛囊堵塞和金黄色葡萄球菌等机会致病菌的定植，而不是痤疮丙酸杆菌本身。痤疮是一个典型的皮肤菌群失调的例子。研究表明，健康的毛孔中只有痤疮丙酸杆菌定植，而不健康的毛孔则普遍含有葡萄球菌和其他不友好的细菌。所以，真正导致痤疮的原因是皮肤菌群的正常组成发生了变化。
现在，抗生素也通常被临时用于治疗痤疮，但从长远来看，大量使用抗生素会导致更多的耐药细菌过度生长，从而可能加重痤疮问题。
对于那些长时间使用抗生素治疗痤疮的患者，他们的皮肤被抗菌剂的猛烈攻击所破坏，由于缺少有益细菌，他们的脸上经常会出现酵母菌的双重感染。因而使用抗生素治疗痤疮可能是最具破坏性的做法之一。
● 酒糟鼻
酒糟鼻是一种自身免疫病，与肠道炎症和菌群失衡有关。大多数酒糟鼻患者都有频繁使用抗生素或局部治疗痤疮的历史，这可能会导致血管受损，变得容易扩张，造成酒糟鼻典型的发红症状。酒精、太阳暴晒、极端温度、辛辣食物、压力和某些药物都能引发酒糟鼻；许多人也表示，淀粉类、糖类食物和酒糟鼻之间也存在明显的关联。一些研究表明，蠕形螨感染可能是导致酒糟鼻的原因之一。酒糟鼻患者皮肤上的蠕形螨含量较正常皮肤要高得多。局部抗生素药膏是大多数皮肤科医生治疗酒糟鼻的首选药物，但这最终会破坏皮肤上的有益细菌，导致病情恶化；改变饮食，恢复皮肤菌群似乎是更加安全有效的方案。
● 湿疹
湿疹或特应性皮炎是最常见的一类皮肤问题，通常与其他免疫相关的疾病有关，比如哮喘和花粉热。在过去几十年里，工业化国家的湿疹发病率翻了一番。90%的湿疹患者都有金黄色葡萄球菌定植，而健康人仅为5%。湿疹往往与皮肤微生物的变化有关，例如葡萄球菌增多而总体微生物多样性的下降。在湿疹发作期间，皮肤微生物的多样性会进一步减少，皮肤上的微生物多样性越低，湿疹就越严重。湿疹的标准治疗方法是使用类固醇药物，它可能会暂时抑制炎症，但最终可能由于菌群失衡而加重病情，恢复菌群平衡才是解决问题的根本。
当我们的皮肤有瑕疵或看起来不健康时，会显著影响我们的自尊。但是很明显，使用刺激性的化学药剂去除皮肤上的微生物、用抗生素杀死它们或用类固醇抑制它们，都不是安全有效的选择。如果有这些皮肤问题，应该考虑采取一种更温和、更全面的方法，去滋养而不是破坏皮肤微生物。
虽然菌群失调并不会导致我们出现所有上述的问题，但是希望大家能够知道，菌群失调是导致许多常见疾病发生的核心原因，而且相关疾病清单每天都在增加。维护我们的微生物平衡是保证健康的关键。对于那些正在遭受疾病困扰而不得不依赖抗生素、抗酸剂和激素等药物进行治疗，甚至药物已经不能发挥作用的患者，停止使用药物，致力于改变饮食结构和生活方式、补充大量有益菌以及在日常生活中尽量避免接触破坏菌群的各类物质，可能会为他们减少痛苦和恢复健康带来更多选择。